ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ДЛЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО КАРТИРОВАНИЯ И АНАЛИЗА АССОЦИАЦИЙ МАРКЕР/ПРИЗНАК
https://doi.org/10.18619/2072-9146-2016-1-3-9
Аннотация
В работе представлена информация об основных технических средствах и программном обеспечении, повсеместно используемых для проведения статистических расчетов и установления неравновесного сцепления маркер/признак, а также выявления ассоциаций между целевыми признаками/генами и молекулярными маркерами которые основываются на идентификации неравновесного сцепления. Кратко обсуждены предназначения основных компьютерных программ, наиболее широко используемых для проведения генетического картирования и установления ассоциаций маркер/признак. Приводятся Интернет-ссылки, позволяющие заинтересованным пользователям воспользоваться необходимым для них программным обеспечением.
Ключевые слова
генетическое картирование,
неравновесное сцепление,
установление ассоциаций маркер-признак,
программное обеспечение
При поддержке: РФФИ
Об авторах
Н. В. Кочерина
ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И. Вавилова»
Россия
Россия
кандидат биологических наук, с.н.с. лаборатории молекулярной и экологической генетики,
ул. Большая Морская, д. 44, Санкт-Петербург, 190000
Ю. В. Чесноков
ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И. Вавилова»
Россия
Россия
доктор биологических наук, заведующий лабораторией молекулярной и экологической генетики,
ул. Большая Морская, д. 44, Санкт-Петербург, 190000
Список литературы
1. Драгавцев В.А. К проблеме генетического анализа полигенных количественных признаков растений. – 2003. СПб. ВИР. – 35 с.
2. Драгавцев В.А., Литун П.П., Шкель И.М., Нечипоренко Н.Н. Модель эколого-генетического контроля количественных признаков растений. // Доклады АН СССР. – 1984. – Т. 274, №3. – С. 720-723
3. Кочерина Н.В., Артемьева А.М., Чесноков Ю.В. Использование лод-оценки в картировании локусов количественных признаков у растений. // Доклады Российской академии сельскохозяйственных наук. – 2011. – №3. – С.14-17
4. Чесноков Ю.В. Картирование локусов количественных признаков у растений. – 2009. СПб., ВИР. 100 с.
5. Чесноков Ю.В. Молекулярно-генетические маркеры и их использование в предселекционных исследованиях. – 2013.СПб: АФИ. 116 с.
6. Чесноков Ю.В., Артемьева А.М. Ассоциативное картирование у растений. // Сельскохозяйственная биология. – 2011. – №5. – С.3-16
7. Чесноков Ю.В., Почепня Н.В., Бёрнер А., Ловассер У., Гончарова Э.А., Драгавцев В.А. Эколого-генетическая организация количественных признаков растений и картирование локусов, определяющих агрономически важные признаки у мягкой пшеницы. // Доклады Академии наук. – 2008. – Т.418, №5. – С.693-696
8. Abad-Grau M.M., Montes R., Sebastiani P. Building chromosome-wide LD maps. // Bioinformatics. – 2006. – V.22. – P.1933–1934
9. Allen-Brady K., Wong J., Camp N.J. PedGenie: an analysis approach for genetic association testing in extended pedigrees and genealogies of arbitrary size. // BMC Bioinformatics. – 2006. V.7. – P.209
10. Borevitz J.O., Maloof J.N., Lutes J., Dabi T., Redfern J.L., Trainer G.T., Werner J.D., Asami T., Berry C.C., Weigel D., Chory J. Quantitative trait loci controlling light and hormone response in two accessions of Arabidopsis thaliana. // Genetics. – 2002. – V.160. – P.683–696
11. Buckingham S.D. Scientific software: seeing the SNPs between us. // Nature Methods. – 2008. – V.5. – P.903–908
12. Garcia A.A., Kido E.A., Meza A.N., Souza H.M., Pinto L.R., Pastina M.M., Leite C.S., Silva J.A., Ulian E.C., Figueira A., Souza A.P. Development of an integrated genetic map of a sugarcane (Saccharum spp.) commercial cross, based on a maximum-likelihood approach for estimation of linkage and linkage phases. // Theoretical and Applied Genetics. – 2006. – V.112. – P.298–314
13. Gaunt T.R., Rodriguez S., Zapata C., Day I.N.M. MIDAS: software for analysis and visualization of interallelic disequilibrium between multiallelic markers. // BMC Bioinformatics. – 2006. – V.7. – P. 227
14. Holland J.B. EPISTACY: a SAS program for detecting two-locus epistasis interactions using genetic marker information. // Journal of Heredity. – 1998. – V.89. – P.374–375
15. Jourjon M.F., Jasson S., Marcel J., Ngom B., Mangin B. MCQTL: multiallelic QTL mapping in multi-cross design. // Bioinformatics. – 2005. – V.21. – P.128–130
16. Lander E.S., Green P., Abrahamson J., Barlow A., Daly M.J., Lincoln S.E., Newburg L. MAPMAKER: an interactive computer package for constructing primary genetic linkage maps of experimental and natural populations. // Genomics. – 1987. – V.1. – P.174–181
17. Liu J.S., Sabatti C., Teng J., Keats B.J.B., Risch K. Bayesian analysis of haplotypes for linkage disequilibrium mapping. // Genome Research. – 2001. – V.11. – P.1716–1724
18. Lu X., Niu T., Liu, J.S. Haplotype information and linkage disequilibrium mapping for single nucleotide polymorphisms. // Genome Research. – 2003. – V.13. – P.2112–2117
19. Mailund T., Schierup M.H., Pedersen C.N.S., Madsen J.N., Hein J., Schauser L. GeneRecon – a coalescent based tool for fine-scale association mapping. // Bioinformatics. – 2006. – V.22. – P. 2317-2318
20. Manly K.F. A Macintosh program for storage and analysis of experimental genetic mapping data. // Mammalian Genome. – 1993. – V.4. – P.303–313
21. Martinez V., Thorgaard G., Robison B., Sillanpaa M.J. An application of Bayesian QTL mapping to early development in double haploid lines of rainbow trout including environmental effects. // Genetical Research. – 2005. –V.86. – P.209–221
22. Pettersson F., Morris A.P., Barnes M.R., Cardon L.R. Goldsurfer2 (Gs2): a comprehensive tool for the analysis and visualization of genome wide association studies. // BMC Bioinformatics. – 2008. – V.9. – P.138
23. Pritchard J.K., Stephens M., Donnelly P. Inference of population structure using multilocus genotype data. // Genetics. – 2000a. – V.155. – P.945–959
24. Pritchard J.K., Stephens M., Rosenberg N.A., Donnelly P. Association mapping in structured populations. // American Journal of Human Genetics. – 2000b. – V.67. – P.170–181
25. Purcell S., Neale B., Todd-Brown K., Thomas L., Ferreira M.A.R., Bender D., Maller J., de Bakker P.I.W., Daly M.J., Sham P.C. PLINK: a toolset for whole-genome association and population-based linkage analysis. // American Journal of Human Genetics. – 2007. – V.81. – P.559–575
26. Seaton G., Haley C.S., Knott S.A., Kearsey M., Visscher P.M. QTL Express: mapping quantitative trait loci in simple and complex pedigrees. // Bioinformatics. – 2002. –V.18. – P.339–340
27. Skol A.D., Scott L.J., Abecasis G.R., Boehnke M. Joint analysis is more efficient than replication-based analysis for two-stage genome-wide association studies. // Nature Genetics. – 2006. – V.38. – P.209–213
28. Tanksley S.D. Mapping polygenes. // Annual Reviews of Genetics. – 1993. – V.27. – P.205-233
29. Ukai Y., Osawa R., Saito A., Hayashi T. MAPL: a package of computer programs for construction of DNA polymorphism linkage maps and analysis of QTL. // Breeding Science. – 1995. – V.45. – P.139–142 (in Japanese)
30. Utz H.F., Melchinger A.E. PLABQTL: a program for composite interval mapping of QTL. Journal of Agricultural Genomics. – 1996. – http://www.cabi-publishing.org/jag/papers96/paper196/indexp196.html (доступно с 30 июня 2007 г.)
31. van Ooijen A.J. JoinMap 4.0: Software for the Calculation of Genetic Linkage Maps in Experimental Populations. Plant Research International B.V & Kyazma B.V. Wageningen, Netherlands. – 2006. – 45 p.
32. van Ooijen J.W. MapQTL 6. Software for the mapping of quantitative trait loci in experimental populations of diploid species. Wageningen, Netherlands. – 2009. – 60 p.
33. Vision T.J., Brown D.G., Shmoys D.B., Durrett R.T., Tanksley S.D. Selective mapping: a strategy for optimizing the construction of high-density linkage maps. // Genetics. – 2000. – V.155. – P.407–420
34. Ware D.H., Jaiswal P., Ni J., Yap I.V., Pan X., Clark K.Y., Teytelman L., Schmidt S.C., Zhao W., Chang K., Cartinhour S., Stein L.D., McCouch S.R. Gramene, a tool for grass genomics. // Plant Physiology. – 2002. – V.130. – P.1606–1613
35. Yang J., Hu C., Hu H., Yu R., Xia Z., Ye X., Zhu J. QTLNetwork: mapping and visualizing genetic architecture of complex traits in experimental populations. // Bioinformatics. – 2008. – V.24. – P.721–723
36. Zhang Z., Bradbury P.J., Kroon D.E., Casstevens T.M., Buckler E.S. TASSEL 2.0: a software package for association and diversity analyses in plants and animals. Poster presented at Plant and Animal Genomes XIV Conference, 14–18 January 2006. San Diego, California. – 2006.
Рецензия
Для цитирования:
Кочерина Н.В., Чесноков Ю.В. ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ДЛЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО КАРТИРОВАНИЯ И АНАЛИЗА АССОЦИАЦИЙ МАРКЕР/ПРИЗНАК. Овощи России. 2016;(1):3-9. https://doi.org/10.18619/2072-9146-2016-1-3-9
For citation:
Kocherina N.V., Chesnokov Yu.V. SOFTWARE FOR GENETIC MAPPING AND ANALYSIS OF MARKER/TRAIT ASSOCIATIONS. Vegetable crops of Russia. 2016;(1):3-9. (In Russ.) https://doi.org/10.18619/2072-9146-2016-1-3-9
Просмотров:
1108
Послать статью по эл. почте 